Don Francesco nacque a Gorizia da Giuseppe e Maria Marin i il 12 febbraio 1899.
 
Dopo aver frequentato il liceo pubblico a Gorizia e a Graz, passò al Seminario teologico di Gorizia dove compì gli studi.
 
Venne ordinato sacerdote nella Chiesa Metropolitana di Gorizia il 1° luglio 1923 dal principe arcivescovo mons. Francesco Borgia Sedej, divenendo subito segretario del neoeletto vescovo di Trieste mons. Luigi Fogar.
 
Fu poi in segnante di lettere italiane e religione nel Seminari o arcivescovile minore e insegnante di religione nelle scuole statali prima di essere nominato amministratore parrocchiale di San Rocco nel 1928, alla morte di mons. Carlo Baubela.
 
Egli venne a San Rocco in un momento non facile. La grande guerra segnò la fine di un’epoca anche per il mondo cattolico; la «Rerum Novarum» e il movimento che provocò e sostenne fu insieme un a «rivelazione» e un a «rivoluzione» grazie alla chiara e ardita presa di posizione di front e alla questione sociale.
 
Egli divenne parroco il 23 ottobre del 1930: un incarico ricevuto dopo importanti esperienze personali e nel clima dei patti lateranensi.
 
Don Marega si mise a «servizio» della parrocchia e, da subito, si rese conto della difficoltà di ottenere una più intensa frequenza alla chiesa parrocchiale, pur non tralasciando occasione per raccomandare a voce e per iscritto tale dovere ai parrocchiani. Rivolse le sue energie per costituire le Associazioni parrocchiali di Azione cattolica; nell’arco di quattro anni ne completò i ranghi.
 
Negli anni del suo sacerdozio ricoprì vari e delicati incarichi come assistente degli Esploratori Cattolici, Presidente dell’Istituto S. Giuseppe, consigliere dell’Ufficio Amministrativo Diocesano e catechista, espletandoli con il massimo zelo.